<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Most of what we do is a bunch of simple association tests of hundreds of thousands of millions of genetic markers with some trait in around 7,000 subjects.  Every job will do something like 5,000 of the tests and make some output, then we combine the output files into one file when all the jobs have finished.  We have ten 12-core compute nodes, so 120 corse, with 32 GB RAM per node we can access 2.5 GB per core and run 120 jobs at once. So using the Torque PBS (free software, I believe) on the CentOS system with Rocks, we'll launch hundreds of jobs at once and they'll use all 120 cores until they're all done.<br>
Most of the work is done in R.</blockquote><div>That sounds like a lot of fun!</div><div>More fun than what I'm doing now, at least.</div><div>I've always wanted to try writing some R.</div><div><br></div><div>It's a bit off topic, sorry.</div>
<div><br></div><div>-> Jake </div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 21, 2013 at 11:49 PM, Mike Miller <span dir="ltr"><<a href="mailto:mbmiller+l@gmail.com" target="_blank">mbmiller+l@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On Thu, 21 Mar 2013, Jake Vath wrote:<br>
<br>
</div><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
That's pretty neat. What are you guys doing with Tourque?<br>
</blockquote>
<br></div>
Most of what we do is a bunch of simple association tests of hundreds of thousands of millions of genetic markers with some trait in around 7,000 subjects.  Every job will do something like 5,000 of the tests and make some output, then we combine the output files into one file when all the jobs have finished.  We have ten 12-core compute nodes, so 120 corse, with 32 GB RAM per node we can access 2.5 GB per core and run 120 jobs at once. So using the Torque PBS (free software, I believe) on the CentOS system with Rocks, we'll launch hundreds of jobs at once and they'll use all 120 cores until they're all done.<br>

<br>
Most of the work is done in R.<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
Mike<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
TCLUG Mailing List - Minneapolis/St. Paul, Minnesota<br>
<a href="mailto:tclug-list@mn-linux.org" target="_blank">tclug-list@mn-linux.org</a><br>
<a href="http://mailman.mn-linux.org/mailman/listinfo/tclug-list" target="_blank">http://mailman.mn-linux.org/<u></u>mailman/listinfo/tclug-list</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>